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更新日:2026年8月5日
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難病医療費助成制度における指定医・指定医療機関の申請について
難病医療費助成制度とは、原因が不明であって治療法が確立していない難病のうち、厚生労働省が指定した疾病について、その治療にかかった費用(医療費から医療保険を除いた自己負担分)の一部を公費で負担する制度です。
- 知事の指定を受けた医療機関等(指定医療機関)が行う指定特定医療に限り、難病患者の方が助成を受けることができます。
- 指定医療機関の指定を受けるためには、医療機関の所在する都道府県への申請が必要になります。
(1)指定医について
指定難病の新規申請及び更新申請に必要な診断書の記載ができるのは、知事から指定された指定医に限定されます。
指定医には、新規申請及び更新申請に必要な診断書の記載ができる「難病指定医」と、更新申請に必要な診断書のみ記載できる「協力難病指定医」の2種類があります
申請方法
他府県で指定を受けた医師が、主たる勤務地を変えず複数の医療機関に勤務している場合、いずれの医療機関においても、主たる勤務地を管轄する都道府県でうけた指定医番号を記載することで、診断書の作成が可能です。(医療機関名は県内であっても、他府県の指定医番号を有する医師の記載のみで可)
新規・更新申請
以下の書類をご用意いただき提出をお願いします。
しがネット受付サービス(インターネット)からの申請受付を開始しました。
→しがネット受付サービスからの申請(難病指定医・協力難病指定医)はこちら
※申請書および医師免許証の写しなどの必要書類の電子データを添付してください。
- 医師免許証の写し
- 下記いずれかの書類
難病指定医
- 専門医の資格を証明する書類または都道府県が行う研修の課程を修了したことを証する書類
協力難病指定医
- 都道府県が行う研修の課程を修了したことを証する書面
その他届出
*変更届および辞退届ともに、指定通知書の写しを添付してください。
(2)難病指定医・協力難病指定医研修について
厚生労働大臣の定める専門医の認定証をお持ちでない難病指定医および、今後協力難病指定医の申請を希望される医師は、以下のオンライン研修を受講いただく必要があります。
オンライン研修
滋賀県では、難病指定医養成研修をオンライン研修として実施します。
指定医研修受講には、しがネット受付サービスによる利用申請が必要です。
オンライン研修の利用申請の受理後に利用者登録用URLを申請者に送付します。
申請者にて利用登録用URLへアクセスして、ユーザー情報を登録していただきます。ユーザー登録完了後に研修サイトにログインし、研修を受講してください。
(研修サイトのURLは、申請受付のお知らせメールでお知らせします。)
研修受講から指定医申請までの流れ
- 滋賀県健康寿命推進課に利用申請
- 申請受理後に申請者に利用者登録用URLを送付
- 利用者登録用URLへアクセスしてユーザー情報を登録し、研修サイトにログイン
- オンライン研修サイトの講義の受講及びテストの実施
- ※講義は2種類あります。
- 修了証を印刷
- 修了証の写しと指定医申請に必要な書類を併せて、滋賀県健康寿命推進課へ提出
難病指定医向けオンライン研修
難病指定医・・・新規・更新申請時における臨床調査個⼈票を作成できる資格
協力難病指定医向けオンライン研修
協⼒難病指定医・・・更新申請時における臨床調査個人票を作成できる資格
受講対象者
新たに指定医申請を行う、もしくは指定医の更新が必要で専門医資格を有しない医師
※専門医資格を有する場合は、研修を受講せずに指定医の(更新)申請が可能です。
専⾨医資格を有しない場合は研修の受講が必要です。
指定医の資格更新は5年毎に必要となります。
(3)指定医療機関について
知事が指定した指定医療機関以外で受給者が受診した場合は、公費負担の対象になりません。
知事から指定医療機関の指定を受けるためには、医療機関等から申請の手続が必要となります。
申請手続きの留意事項
- 指定医と指定医療機関は、別の指定になりますので、指定医がいなくても、以下の要件を満たせば、指定医療機関の申請を行うことができます。
要件(難病法第14条)
申請にあたっては、医療機関の所在地が滋賀県内にあって、次の医療機関であることが必要です。- 以下の医療機関であること
- 保険医療機関
- 保険薬局
- 健康保険法に規定する指定訪問看護事業者(訪問看護事業に限る。)
- 介護保険法に規定する指定居宅サービス事業者(介護予防訪問看護事業者に限る。)
- 介護保険法に規定する指定介護予防サービス事業者(介護予防訪問看護事業者に限る。)
- 上記のいずれかに該当し、かつ難病法第14条第2項に定める欠格事項に該当していないこと。
- 以下の医療機関であること
- 医療機関等の所在地の都道府県または指定都市に申請してください。
- 指定医療機関の指定日は、指定の決定をした日の属する月の翌月1日からとなります。
(その月の1日に決定したものに限り、その日から指定されます) - 審査の後、指定となった場合は滋賀県から医療機関あてに指定医療機関指定通知書を送付します。
- 指定医療機関は、名称、所在地等を滋賀県のホームページで公表します。
- 指定の有効期間は6年間です。6年毎に更新の手続きを行ってください。
- 申請内容に変更があった場合は、変更のあった事項および変更年月日等を、指定を受けた都道府県または指定都市に届け出る必要があります。
- 医療機関コードが変更になった場合は、必ず廃止および新規の申請が必要です。
指定医療機関の皆様へ
指定医療機関における自己負担上限月額管理票の記載方法については、厚生労働省健康局難病対策課から「特定医療費に係る自己負担上限額管理票等の記載方法について」が示されておりますので、ご参照ください。
指定医療機関一覧表
滋賀県による指定医療機関は下記のとおりです。
他都道府県、政令市の指定医療機関につきましては、各自治体のホームページ等でご確認ください。
- 滋賀県の難病指定医療機関(令和8年6月1日)(XLSX:159KB)
- 滋賀県の難病指定医療機関(指定病院 診療所)(令和8年6月1日)(PDF:1,580KB)
- 滋賀県の難病指定医療機関(指定薬局)(令和8年6月1日)(PDF:1,330KB)
- 滋賀県の難病指定医療機関(指定訪問看護ステーション)(令和8年6月1日)(PDF:1,035KB)
- 滋賀県の難病指定医療機関(指定歯科)(令和8年6月1日)(PDF:445KB)
申請方法
以下の書類をご用意いただき提出をお願いします。
しがネット受付サービス(インターネット)からの申請受付を開始しました。
→しがネット受付サービスによる申請(難病指定医療機関)はこちら
※申請書等のデータを添付してください。
新規申請様式
各種様式
※変更届を提出される際は、現在指定を受けている医療機関の名称を様式の余白にご記入いただきますようお願いします。
- 指定医療機関休止届(DOCX:32KB)
- 指定医療機関休止届(PDF:37KB)
- 指定医療機関辞退届(DOCX:32KB)
- 指定医療機関辞退届(PDF:39KB)
- 指定医療機関更新申請書(DOC:40KB)
- 指定医療機関更新申請書(PDF:73KB)
※経営譲渡・医療法人の設立などにより、医療機関コードが変更になる場合は、変更ではなく新規申請となりますので、指定申請書と前医療機関の廃止届を一緒にご提出ください。
書類の提出先
〒520-8577
滋賀県大津市京町4丁目1-1 滋賀県健康医療福祉部 健康寿命推進課 難病・小児疾病係 あて