左岸　滋賀郡志賀町大字北小松江若鉄道上流300メートル(墓地)以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡志賀町大字南小松国道以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡志賀町大字北浜江若鉄道以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡志賀町北浜字ノエリ江若鉄道上流300メートル以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡堅田町大字途中県道途中橋上流100メートル床固北堤以下既準用区域起点に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡堅田町大字佐川町道佐川川尻線以下真野川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡堅田町大字南庄県道橋上流300メートル以下真野川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡堅田町大字中村林務砂防北堤以下安曇川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡堅田町大字衣川江若鉄道上流300メートル以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　大津市上別保町国道橋以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　大津市石山南郷町市道606号線橋梁上流芋谷合流点以下瀬田川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　大津市石山寺辺町変電所上流200メートル合流点以下瀬田川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　栗太郡栗東町大字蜂屋1,009番地地先以下草津市志那町地先平湖に至る。

右岸　同上46番同上

左岸　草津市渋川町市道川原渋川線以下草津市下笠町地先琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　栗太郡栗東町大字成谷字穴口56番地以下細川合流点に至る。

右岸　同上41番地同上

左岸　栗太郡栗東町大字観音寺町石倉橋以下既準用金勝川起点に至る。

右岸　同上

左岸　野洲郡中主町大字比江字5の坪591番地地先以下既準用童子川起点に至る。

右岸　野洲郡野洲町大字5の里字居柳473番地地先以下同上

左岸　野洲郡野洲町大字北桜字内6,503番地地先以下既準用小山川起点に至る。

右岸　同上

左岸　野洲郡守山町大字新庄荒見上野近江八幡線以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　野洲郡守山町大字赤野井県道橋以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　近江八幡市上田町宮後市道大正線以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　神崎郡五個荘町伊野部八日市五個荘線以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　愛知郡愛知川町大字愛知川近江鉄道橋直上流300メートル以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　蒲生郡蒲生町大字木村字高岸下田八日市線無名橋以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　神崎郡五個荘町石馬寺字マイラ373番地地先以下琵琶湖に至る。

右岸　同上辻川193番同上

左岸　犬上郡多賀町大字霊仙字落合谷川合流点以下既準用芹川起点に至る。

右岸　同上

左岸　犬上郡多賀町大字南後谷町町道佐目南後谷線終点無名橋以下犬上川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　蒲生郡蒲生町大字田井字里前田井堀越井合流点以下日野川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　蒲生郡蒲生町大字蒲生堂さむき谷川合流点以下日野川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　坂田郡近江町大字和田国道8号線上流支川合流点以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　坂田郡近江町字多和田字流県道無名橋以下天野川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　坂田郡山東町大字朝日字沼県道赤山橋以下天野川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　高島郡安曇川町大字田中町道初池川橋以下琵琶湖に至る。

右岸　同上

左岸　高島郡安曇川町大字田中黒谷今津線無名橋以下八田川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　高島郡高島町大字野田町道野田横山橋以下鴨川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　滋賀郡志賀町入屋戸国道2号線上流砂防19号北堤以下野離子川起点に至る。

右岸　同上

左岸　坂田郡伊吹村藤川砂防北堤以下既準用藤子川起点に至る。

右岸　同上

左岸　坂田郡伊吹村門谷川合流点直上流300メートル以下姉川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡土山町鮎河東野井北以下野洲川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　神崎郡永源寺町甲津畑登谷391の1以下愛知川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　犬上郡多賀町大字坪127番地地先以下犬上川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡信楽町大字田代字広芝707番地地先以下既準用田代川起点に至る。

右岸　同上706番地同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字神字山口大原ダム余水口合流点以下既準用大原川起点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字櫟野字南川橋の谷141番地以下既準用櫟野川起点に至る。

右岸　同上字頭北25の1番地同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字油日字中津829の1古川合流点以下油日川起点に至る。

右岸　同上字大平786番地同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字大原上田字居合右岸谷川合流点以下野洲川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡土山町大字大野字中大平1,132の1農道暗渠以下野洲川合流点に至る。

右岸　同上字合ケ平1,080の1同上

左岸　甲賀郡甲南町大字稗谷字中のかいと556番地地蔵本井北以下野洲川合流点に至る。

右岸　同上字田代796番地同上

左岸　甲賀郡甲西町菩提寺字伊駒1,163県道水口野洲線以下野洲川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲南町大字池田字小柳用水石樋以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲南町大字上馬杉字大阪958の1町道柏木橋以下杣川に至る。

右岸　同上字岡の下1,390同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字佐治字須川町道漆谷橋以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲南町大字磯尾字砂原下磯尾川合流点以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲南町大字杉谷字岩尾岩尾池放水路以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡水口町大字山上字こぶがい谷川合流点以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡水口町大字牛飼字後町1,384番地谷川合流点以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡水口町大字虫生野字雲宮国鉄暗渠以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡水口町大字三大寺字清水町道学校橋上流50メートル以下杣川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡信楽町大字上朝宮字西中谷北堤以下信楽川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡信楽町大字多羅尾字多羅尾滝谷北堤以下大戸川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡信楽町大字多羅尾字多羅尾長野上野線以下大戸川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡信楽町大字神山字豆ツチ1,193番地地先以下大戸川合流点に至る。

右岸　同上字豆ツチ1,192番地同上

左岸　甲賀郡甲西町大字三雲字中島妙感寺橋以下荒川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字大原上田字小山田町直庄司田橋上流庄司田川合流点以下大原川に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字油日字高間2,216番地地先床止北堤以下油日川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　甲賀郡甲賀町大字高嶺字下宮の前樋詰川合流点以下油日川合流点に至る。

右岸　同上

左岸　犬上郡多賀町大字大杉町道大杉1号線以下犬上川合流点に至る。

右岸　同上