ニゴロブナは琵琶湖の固有種で、その産卵・成育には、湖辺の水田が大きな役割を担っています。この湖魚は、繁殖期を迎える5月頃、湖辺のヨシ帯や水路を通って水田までやってきて産卵します。
この時期の水田は、水が温かく、プランクトンなどの餌が豊富で、外敵が少ないことから、稚魚の成育に適しています。

水路との間で水位差が生じた水田では、地域の皆さんが水路に堰（魚道）を設置し、水田に魚が遡上する昔ながらの「魚のゆりかご水田」の継承に取り組んでいます。

こうした水田は、豊富な生きものを育むなど、生物多様性の保全に貢献しています。

リンク:魚のゆりかご水田プロジェクト

琵琶湖漁業を代表するエリ漁は、平安時代の和歌に詠まれるなど、千年以上の伝統を有する漁法です。

エリ漁は、琵琶湖を回遊する湖魚の生態や湖の水流を巧みに利用し、ツボと呼ばれる部分で捕獲する待ち受け型の漁法です。この漁法は、必要な量だけ漁獲でき、漁業者は限りある水産資源に配慮した漁を続けています。

他にもヤナ漁や刺し網漁、オイサデ漁などが昔ながらの姿で現代に受け継がれています。

リンク:琵琶湖の漁法

琵琶湖の水質や生態系保全のために、多くの農業者が「環境こだわり農業」や「世代をつなぐ農村まるごと保全向上対策」などに取り組んでいます。その結果、水田等の農地は多様な生きものを育む場にもなっています。

また、窒素やリンを含む農業排水が琵琶湖へ流出することを抑制するために、排水の再利用などに取り組んでいます。

中でも「環境こだわり農産物」は、農薬や化学肥料の使用を控え、農業排水対策にも取り組みながら生産されたもので、栽培面積は年々拡大しています。取組を開始する前と比べ、化学合成農薬の使用量は約4割減少しています。

リンク:滋賀のおいしいコレクション環境こだわり農産物

琵琶湖を取り巻く山々では、明治時代以降、森林緑化が進められました。これにより、洪水防止や河川の渇水防止が図られ、河川を遡って産卵する湖魚の繁殖環境の保全にもつながっています。

琵琶湖の漁業者や林業者、地域住民が協働で植林を行う「漁民の森」や企業の森づくりなどにより、水源林の保全が図られてきています。